Komplexe FTS halten mit fortschreitender Automation in immer mehr Bereichen Einzug. FTS werden bei Fertigungsprozessen für den Materialnachschub und zunehmend auch zur Kommissionierung in der Versandlogistik von großen Onlinehändlern eingesetzt.
In der Industrie ist schneller, effizienter Materialfluss von immenser Bedeutung. So werden Lagerkosten und Durchlaufzeiten minimiert, während Flexibilität gewährleistet bleibt. Dynamische Lagerhaltung im Zusammenspiel mit einem fahrerlosen Transportsystem kommt dagegen in der Versandlogistik zum Einsatz. Roboter sorgen für zügige Kommissionierung, unter Umständen sogar ohne dass sich Menschen in den Lagerräumen bewegen müssen.
Als Sonderfall gelten übrigens Krankenhäuser: In der Krankenhaus-Logistik ist in vielen Fällen ein schneller und oftmals auch berührungsloser Transport (etwa von Blutproben oder potentiell infektiösen Abstrichen) erwünscht. Die Anwendung von FTS in der Krankenhaus-Logistik wird unter AWT (Automatischer Warentransport) zusammengefasst. Zu einem AWT-System können traditionell auch Rohrpostanlagen und Elektrohängebahnen gehören.